新しい環境に変わるたびに必要なパッケージなどをインストール作業が段々と苦痛になってきたので、シェルスクリプト(bash)で自動化することにしました。環境はUbuntu 18.04 LTSです。 作った後で何ですが、これくらいなら面倒なことは考えず単純にコマンドを…

タイル型ウィンドウマネージャのi3-wmはデフォルトの設定でもある程度快適に使えるのが魅力ですが、カスタマイズするとより使いやすくなるのも事実です。自分なりに調べ、設定項目は少ないですがある程度不満のない状態にはなったので整理も兼ねてまとめてみ…

依存関係を手作業で解消するのが面倒だったのでPythonにやってもらうことしました。「退屈なことはPythonにやらせよう」ですね。環境はUbuntuを想定しています。 とはいえ高度なヤツは技量的に無理だったのでaptとpipで簡単にインストールできるものだけです…

普段はVirtualbox上で仮想マシンのUbuntuを使用しているのですが、何かともたつくことも多いため、できればWindows上で操作を完結させたいのが本音です。Windowsを完全に捨ててしまうのも1つの手なのでしょうが、なかなか踏ん切りがつきません。 そんなわけ…

他人に説明するときなどに、系統樹のノードに番号が付いていると便利な場合がたまにあります。AとBの共通祖先等の表現でも良いんですが長くなりやすいので。 今回はPythonとETE Toolkitを使って系統樹のノードに通し番号を付けたのでそのまとめです。使用し…

仮想マシンでUbuntuは一応使ったことがあるが、WSL(Windows Subsystem for Linux)は入門レベルの人間が、WSLのUbuntu(bash)上で可能な限り操作を完結させようともがいた結果をまとめたメモです。初心者なので色々大目に見ていただけるとありがたいです。イン…

プログラム中で、NCBIの管理するデータベースに登録された配列ファイルをダウンロードしたいことがたまにあります。手作業は何かと煩雑なので。 そこで、Biopythonを利用して指定したアクセッション番号の配列データを自動でダウンロードするプログラムを作…

Pythonのmultiprocessingモジュールを試そうとしたらエラーが発生してしまったという話。問題のコードは下の通りです。 #!/usr/bin/env python3 import multiprocessing def foo(num): def bar(x): return x*x cpu = multiprocessing.cpu_count() args = ran…

Pythonのスクリプト中で、ディレクトリ(フォルダ)が空かどうか確認してから処理を行いたいことがたまにあります。そこで、簡単に調べたところosモジュールのlistdir関数を使う方法と、globモジュールのglob関数を利用する方法があるようでした。 os.listdir…

FastTreeは近似最尤法による系統樹推定プログラムです。大規模データに対応しており、他のプログラムに比べ実行時間が非常にはやいです。公式の説明によれば、PhyMLやRAxMLの100から1000倍高速な場合もあるようです。 ざっと調べたところ日本語の情報が少な…

オーソログ推定プログラム「OrthoFinder」は、推定したオーソロググループ配列を使用してそのまま系統樹作成まで行うことができます。詳しくはGithubのページに詳しい説明がありますのでご覧ください。 試しにFastTreeを使って系統樹作成まで行おうとしたと…

IQ-Treeは最尤法による系統樹作成プログラムです。コマンドラインから簡単に実行することができ、計算時間もはやいため便利です。 また、配列をパーティションに区切った解析を行うことができる他、塩基・アミノ酸配列以外にも、幾つかの形式の配列データに…

JupyterNotebook上でRubyを利用するために、IRubyをインストールしたまとめです。一点だけつまづいたので記事に起こしておきます。 環境はUbuntu 18.04 LTSです。16.04以前の方や他のOSの方は手順が若干異なるためご注意ください。 インストール方法ですが、…

プログラムで自動で配列を集めてきたり、トリミングなどの処理を行ったりした場合に、予期せず全く同じ配列ファイルが違う名前で紛れてしまうことがあります。私のやり方がまずいのかもしれませんが。 系統樹作成などにそうしたファイルを使ってしまうと解析…

FASTAファイルの配列が途中で改行され、複数行に渡っている場合があります。通常は問題ないのですがたまに不便なときがあるので、Biopythonを使って不要な改行を削除し配列行を一行にします。 完成形のコードは以下のとおりです。結果の出力先は標準出力です…

タイル型ウィンドウマネージャの「i3」と一緒に使っているアプリのまとめです。 タイル型といえば自分で色々カスタマイズできるのが魅力で、私もネットの情報を参考にしながら少しずつですがよく使うものに関してはシェルスクリプトにまとめてキーボードから…

Genbankファイル中のCDS情報から遺伝子のアミノ酸配列を抽出し、遺伝子ごとのアミノ酸配列が記載されたFASTAファイルを作ったまとめです。 Genbankファイルの扱いはBiopythonを利用すると簡単です。公式のチュートリアルに詳しい説明がありますが、英語だっ…

Pythonは初心者にも分かりやすくノンプログラマーの身としてはとてもありがたい言語なのですが、変数と文字列を組み合わせる方法については、Perlなどの方が便利かなあと感じることが多々あります。自分のコードを見返しても、使っている方法が結構ばらばら…

とあるプログラムをインストールしようとしたところ、Perlのモジュールが依存関係として指定されていました。 Perlのインストールコマンドといえばcpanmですが、不慣れな身としては可能な限り使用を避けたかったのです。というわけで別の方法を調べたのでま…

classの初期化の際にあらかじめ出力ファイルを作っておき、他のメソッドがそのファイルに追記する形で利用したら便利かなという状況に出くわしました。 ということで中身が空のファイルを作る必要が生じたのですが、調べたところopenで開いて何もせずにclose…

タイル型ウィンドウマネージャの「i3」をUbuntu 18.04 LTSにインストールしたときのまとめです。 タイル型のウィンドウマネージャは一般的なものとは異なり、ウィンドウが重ならないように自動で配置してくれるため画面を効率よく利用できます。また、基本的…

Rを勉強するにあたって環境を整えようということで、Jupyter Notebook上でRを利用できるようにしました。Rの開発環境としてはRStudioが有名ですが、私のノートPCだと画面が小さいので４分割画面を活かせないんですよね⋯⋯。 以下の内容は、Virtualbox上のUbun…

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