依存関係を手作業で解消するのが面倒だったのでPythonにやってもらうことしました。「退屈なことはPythonにやらせよう」ですね。環境はUbuntuを想定しています。 とはいえ高度なヤツは技量的に無理だったのでaptとpipで簡単にインストールできるものだけです…

普段はVirtualbox上で仮想マシンのUbuntuを使用しているのですが、何かともたつくことも多いため、できればWindows上で操作を完結させたいのが本音です。Windowsを完全に捨ててしまうのも1つの手なのでしょうが、なかなか踏ん切りがつきません。 そんなわけ…

他人に説明するときなどに、系統樹のノードに番号が付いていると便利な場合がたまにあります。AとBの共通祖先等の表現でも良いんですが長くなりやすいので。 今回はPythonとETE Toolkitを使って系統樹のノードに通し番号を付けたのでそのまとめです。使用し…

仮想マシンでUbuntuは一応使ったことがあるが、WSL(Windows Subsystem for Linux)は入門レベルの人間が、WSLのUbuntu(bash)上で可能な限り操作を完結させようともがいた結果をまとめたメモです。初心者なので色々大目に見ていただけるとありがたいです。イン…

プログラム中で、NCBIの管理するデータベースに登録された配列ファイルをダウンロードしたいことがたまにあります。手作業は何かと煩雑なので。 そこで、Biopythonを利用して指定したアクセッション番号の配列データを自動でダウンロードするプログラムを作…