Genbankファイル中のCDS情報から遺伝子のアミノ酸配列を抽出し、遺伝子ごとのアミノ酸配列が記載されたFASTAファイルを作ったまとめです。 Genbankファイルの扱いはBiopythonを利用すると簡単です。公式のチュートリアルに詳しい説明がありますが、英語だっ…

Pythonは初心者にも分かりやすくノンプログラマーの身としてはとてもありがたい言語なのですが、変数と文字列を組み合わせる方法については、Perlなどの方が便利かなあと感じることが多々あります。自分のコードを見返しても、使っている方法が結構ばらばら…

とあるプログラムをインストールしようとしたところ、Perlのモジュールが依存関係として指定されていました。 Perlのインストールコマンドといえばcpanmですが、不慣れな身としては可能な限り使用を避けたかったのです。というわけで別の方法を調べたのでま…

classの初期化の際にあらかじめ出力ファイルを作っておき、他のメソッドがそのファイルに追記する形で利用したら便利かなという状況に出くわしました。 ということで中身が空のファイルを作る必要が生じたのですが、調べたところopenで開いて何もせずにclose…

タイル型ウィンドウマネージャの「i3」をUbuntu 18.04 LTSにインストールしたときのまとめです。 タイル型のウィンドウマネージャは一般的なものとは異なり、ウィンドウが重ならないように自動で配置してくれるため画面を効率よく利用できます。また、基本的…

Rを勉強するにあたって環境を整えようということで、Jupyter Notebook上でRを利用できるようにしました。Rの開発環境としてはRStudioが有名ですが、私のノートPCだと画面が小さいので４分割画面を活かせないんですよね⋯⋯。 以下の内容は、Virtualbox上のUbun…

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